आयोगको सिफारिस कार्यान्वयन नहुँदा एकातिर पीडितले न्याय पाउन सकेका छैनन् भने अर्कातिर पीडकले उन्मुक्ति पाइरहेका छन् ।
राष्ट्रिय मानवअधिकार आयोगले आफ्नो वार्षिक प्रतिवेदनमा मानवअधिकार उल्लंघनका घटनामा गरिएका अधिकांश सिफारिसलाई सरकारले गम्भीरतापूर्वक नलिएको भन्दै असन्तुष्टि व्यक्त गरेको छ ।अयोगका अनुसार एक वर्षमा अधिकार उल्लंघनका १०१ वटा उजुरी परेका छन् भने २१४ वटा घटनाको आफैंले अनुगमन गरेको छ । आयोगले १ वर्षमा गरेका ४ सय १४ निर्णयमध्ये ९१ वटा निर्णय कारबाहीसँग सम्बन्धित छन् । तर ती अधिकांश सिफारिस कार्यान्वयन भएकै छैनन् ।
माओवादीको सशस्त्र विद्रोह उत्कर्षमा पुग्दै गर्दा २०५७ सालमा स्थापना भएको आयोगले द्वन्द्वकालीन घटनाहरूको पनि अध्ययन गरिरहेको छ । कतिपय घटनामा पीडितलाई न्याय र पीडकलाई कारबाहीको सिफारिस भए पनि कार्यान्वयन नहुँदा पीडितले न्याय पाउन नसकेको आयोगको निष्कर्ष छ।आयोगले हालसम्म गरेका सिफारिसमध्ये जम्मा ३९ प्रतिशतमात्रै कार्यान्वयन भएको छ । ४५ प्रतिशत सिफारिस अलपत्र छन् । कतिपय विषयमा त नीतिगत सुधारकै खाँचो रहेको आयोगको ठम्याइ छ ।
मानवअधिकार उल्लंघनका घटनामा सरकार संवदेनशील नभएको गुनासो एकातिर छ भने अर्कातिर आयोगकै भूमिकामाथि पनि प्रश्न उठेको छ । आयोगमा पदाधिकारी नियुक्तिको विषय विवादित बन्दा त्यसको असर अन्तर्राष्ट्रिय छविमा पनि परेको छ ।